超进化（Mega进化）是后期战斗的重要机制，能让特定精灵在战斗中临时突破极限。超进化需要精灵携带对应的Mega石，且每场战斗只能触发一次。火红版中可超进化的精灵包括喷火龙（X/Y两种形态）、水箭龟、妙蛙花、胡地、耿鬼、化石翼龙等。这些精灵在超进化后属性、特性甚至种族值都会显著提升，合理搭配能大幅增强队伍战斗力。

喷火龙超进化后分为X（火+龙）和Y（火+飞）两种形态，X形态特性变为硬爪，物理攻击提升；Y形态特性日照可强化火系技能。水箭龟超进化后特性变为超级发射器，波动类技能威力翻倍。妙蛙花超进化获得厚脂肪特性，能抵抗火和冰系伤害。胡地和耿鬼超进化后特攻能力爆炸，但防御较弱需注意站位。化石翼龙超进化后速度与物攻双突出，适合速攻战术。

Mega石通常通过剧情或隐藏道具获取。例如喷火龙X石在火焰山右侧洞穴，Y石需通关后在一岛触发事件；水箭龟和妙蛙花的Mega石分别位于华蓝市水道和常磐森林深处。部分Mega石需用探测器搜索，建议多与NPC对话获取线索。超进化精灵的配招需结合特性调整，比如喷火龙X适合龙爪+地震，Y形态适合阳光烈焰+喷射火焰。

面对克制属性时优先触发，比如用超进化胡地对抗毒系道馆。注意超进化会占用道具栏，携带Mega石后无法装备其他增益道具。队伍里最好搭配一只常规形态精灵应对持久战。后期挑战联盟时，超进化精灵能快速突破对手王牌，但需防范对手的针对性技能。